Der Margarethenhügel wurde schon Ende der Jungsteinzeit besiedelt und hier bestand vermutlich auch schon in der Bronzezeit ein Heiligtum. Später wurde am gleichen Ort die Kirche St. Margarethen errichtet. Der gewinkelter Grundriss als einmalig bezeichnet werden. Die Kirche wird zum ersten Mal 1251 als Pfarrkirche erwähnt. Grabungen brachten jedoch ältere Reste aus dem 11. Jahrhundert zu Tage. Das Gotteshaus dürfte vom damaligen Besitzer des benachbarten Gutes gestiftet worden sein. Gut sichtbar  befindet sich das Gehöft über einem Weidehügel, an dessen Fuss der frühere Weg am Bruderholzhang entlang ins sumpfige Leimental führte. Auf der Terrasse bietet sich ein einmaliger Ausblick über die Dächer der Stadt Basel und am Westhang gedeihen Reben. Auf der Weide unter dem Margarethengut wächst der seltene Knöllchen-Steinbrech, dessen leuchtend weisse Blüten im Mai zwischen den Gräsern hervorleuchten. Der Abhang bei Margarethen ist reich an Quellbauwerken, die von der Bedeutung der Quellen in der ganzen Region für die Wasserversorgung der Stadt Basel zeugen. Ausgehend vom Margarethenstich verläuft ein unterirdischer Gang unter die Terrasse und die Kirche. Dieses im 19. Jahrhundert zum Ausbau der städtischen Wasserversorgung errichtete Bauwerk wird ergänzt durch zwei vermutlich ältere Sodbrunnen, die zur Versorgung des Guts dienten. Aus dem einen wurde früher das Wasser in den heute noch bestehenden Laufbrunnen vor dem Ökonomiegebäude gepumpt. Ein zweiter Sod befindet sich in der südöstliche Ecke des Guts und ist von der Straussenwirtschaft «Zum Schällenursli» zu sehen.

Rundgang

Vom Ausgangspunkt an der Kreuzung Margarethenstrasse/Gundeldingerstrasse steigt die schmale Strasse den Hügel hinauf. Vor dem Aquädukt erreicht man rechter Hand den mit Kopfsteinpflaster belegten Vorplatz um das Gut und die Kirche. Von der Terrasse eröffnet sich ein Panorama über die Stadt und die umgebenden Berge. Die Kirche und der idyllische Kirchplatz sind von Binningen her aus nordwestlicher Richtung her zu erreichen.  Das Margarethengut ist Ausgangspunkt für eine ausgedehnte Wanderung über das Bruderholz vorbei am Kantonsspital in Binningen bis zum Wasserturm oder zum Predigerhof. Im Gegensatz zu dieser längeren Route durchs Landwirtschaftsgebiet führt ein Wegnetz im Wald in Richtung Osten. Vorbei an der Alten Villa mit dem steinernen Brunnen, der früher durch eine nahe gelegenen Quellfassung gespeist wurde, endet der Weg im Margarethenpark bei der Kunsteisbahn.